很久以前，在某个岛屿上有一对鬼兄弟，他们带领鬼族向人们发起了攻击。人们奋力反抗，但总是失败。鬼兄弟拥有一块被称为“鬼令”的石头，拥有神奇的力量。在某次战役中，一位姑娘用弓箭把“鬼令”劈成了两半，成功地击退了鬼族。随着岁月的流逝，到了19世纪80年代。一位叫佑的东京少年，因为失去母亲，他从东京来到了住在乡下的奶奶身边。从小在城市长大的佑无法适应乡下的生活，总是被同学欺负。他希望有一天能再次回到东京，结果在无意中被一群可怕的家伙袭击了。关键时刻，天津四和新电王出现，救下了佑。因为时空的错乱，当年的鬼族再次出现

暗吉尔，埃塔格…过去的宿敌不断复苏！ 还有谜一样的邪恶奥特曼，黑暗艾克斯和黑暗捷德登场！

本作设定在第一部剧情结束八到十年之后的世界中展开，讲述少年游城十代报名参加决斗学院考试，并在学院学习生活中发生的一连串故事。

总北高中自行车竞技部所属的一年级生·小野田坂道，与同年级的今泉俊辅和鸣子章吉、三年级的金城真护、卷岛裕介、田所迅一同以“Team总北”的身份在全国大赛中出场。他们突破了与王者·箱根学园以及京都伏见等对手学校的激烈比赛，漂亮地获得了综合优胜。那样炎热的夏天也已过去，三年生即将引退，总北以“新世代”的队伍在全国大赛中连霸为目标，终于开始进发！

不可思议的事情发生了······小马利亚失去了魔力！陆马、独角兽和飞马不再是朋友，如今只有同种族的小马才会待在一起。但理想主义的年轻陆马桑尼决心找到一种方法，让世界重新拥有魔法并变得像以前一样团结。她与性格开朗的独角兽伊兹一起前往遥远的国度，在那里她们遇到了富有魅力且勇敢的飞马皮璞和齐璞，以及使命感满满的陆马希区烈焰。他们在完成任务的过程中遇到了诸多困难，但每一位新的好朋友都有自己独一无二的天赋，这可能正是小马利亚恢复魔法所需要的东西，并证明了小马也能带来大改变。

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