故事以有着众多地下偶像的六本木地下空间为舞台，众多偶像为了“地上进出”（商业出道）而努力进行着偶像活动。在这其中，人气最低的位居地下500层的5人组合“超地下公主”也每天对着鼹鼠和蚯蚓努力表演，渴望早日成为“地上的偶像”。

八年抗战结束后不久，国共两党旋即展开了殊死之战。为了准备即将到来的大反攻，中共方面借机派刘克豪（任程伟 饰）假扮军统北平战情报科副科长乔天朝潜入沈阳站，以获取机要情报。刘凭借过硬的心理素质和业务水平，通过了沈阳站站长徐寅初（巍子 饰）的连番试探和考验，最终为东北地区的解放立下了汗马功劳。1949年新中国成立，蒋介石携其党徒败走台湾。常年生活在地下刘克蒙来到地上，然而迎接他的不是安稳幸福的生活，而是贼心不死的特务徐寅初对新中国的疯狂反扑，地下与地上的战争仍在继续……本片根据著名作家石钟山的同名长篇小说改编。

由于人族的贪婪，其他种族在一次次的混战中逐渐隐匿了痕迹的故事。 在这场混战中，水中界被纳入地上界的版图，而除了精灵族之外，其他种族在地上界仍然有活动，但隐藏了真实身份，仅在人类中留下了传说和教会的宣传

某个优闲的日子里，冬树与KERORO小队一起去参观印加帝国遗迹—马丘比丘。他们在那里进入了一个迷宫，但Keroro粗心大意地误触了连环陷阱，大家只能赶快往前奔跑逃命。而冬树在逃跑的同时，瞥见了一个伫立在迷宫之中，一动也不动的神秘少女。冬树就这样带着对少女的疑问回到了东京，并渐渐遗忘了这个事情。然而，最强的敌人就在此时无预警的现身。这个敌人的相貌竟然跟Keroro无太大分别，并且准备好带着优秀的部下，开始展开侵略世界各地。Keroro小队这次，将为了蓝星的命运而战。