随着科波尔的发现、劳拉·罗斯林的被捕以及威廉·阿达玛的暗杀企图，舰队发现自己陷入了更大的危险，但随着帕加索斯和新卡布里卡的发现，也带来了希望。然而，所有美好未来的前景迟早都会破灭。

被困的殖民者在新卡布里卡的赛昂人残酷统治下挣扎求生，但当卡拉狄加返回拯救人类时，这支羽翼未丰的舰队重新开始搜寻地球。赛昂人在失去对新卡布里卡的控制后，便踏上了前往地球的神秘旅程。