4年前的"黄昏"事件告一段落之后，THE WORLD再次出现了神秘事件，而发生的一切，都与4年前的相似，受到玲奈的推动下，秀悟连说明书都没看就直接进入了THE WORLD。在对网络游戏发展惊讶之余，秀悟遇到了各种各样的角色。等到怜奈出现后，他们就开始了RPG游戏中最基本的工作--练级，而对限定角色产生兴趣的米蕾优，一直尾随他们来到了怪物平原。对于游戏经验不足的秀悟，很快就给打到重伤，幸好有怜奈的帮助，还是可以轻松地解决怪物。在玲奈的抱怨下，秀悟不得不翻开

2007年，美国研制并发售了一款名为"The World"的网络游戏。很快，全世界有2000万人成为其忠实的玩家。该游戏采用即时战斗的形式，舞台为架空的幻想世界。游戏中，一共有剑士、重剑士、重斧士、咒文师、重枪士和双剑士6种职业，每种职业都有男女之分，玩家可以按照自己的喜好找到适合自己的角色。故事是发生在名为"The World"的线上游戏的幻想世界之中。在游戏世界中发生了原因不明的问题，无法登出的玩家

隐藏着神秘力量的玖楼国的公主·小樱，在某一天，中了某人的诡计，失去了记忆。为了取回她变成“羽毛”而飞散到异世界的记忆，她的青梅竹马小狼展开了冒险之旅。他所到达的是……

隐藏着神秘力量的玖楼国的公主·小樱，在某一天，中了某人的诡计，失去了记忆。为了取回她变成“羽毛”而飞散到异世界的记忆，她的青梅竹马小狼展开了冒险之旅。他所到达的是……

在沙漠城市玖楼国，少年小狼多年前，跟随养父考古家藤隆来到这国家，希望发掘该国的翼形遗迹，以解开玖楼国的历史之谜。小狼因此认识了玖楼国中的各人，包括与他青梅竹马的小樱公主。二人一直互相心仪，但小狼碍于身份问题，一直不敢表白。藤隆辞世后，小狼继承父亲遗志，继续挖掘和研究工作。为了拯救小樱，小狼带着小樱与新结识的法伊和黑钢踏上了在不同次元甚至不同时间寻找羽毛的征程，而飞王也在密切关注着事情的进展。只是主人公四人不会想到，这一切的一切，都是一个巨大的阴谋。

羽翼年代记第二季故事讲述玖楼国的公主小樱拥有跨越时空的能力，和她在一起的小狼则是一个继承父亲遗志的考古家。英俊的小狼充满正义，勇敢刚强。把小樱视为生命里最重要的人。他们遭到不明身份的野心家狙击。小樱因此失去了全部记忆，而且伤重昏迷。小狼为了寻找小樱的“记忆之羽”而穿梭在不同的时空。和另外两个目的不同的旅伴--黑钢及法依一起踏上了奇异的魔法之旅！