在海豹镇长和企鹅教授的宣传带领下，海底社会认同了“外星人有害论”的观点。小潜艇阿力偶然遇到来地球游玩却和父母走散的小外星人Wugu，通过了解，阿力发现外星人不但不危险，还很友好。为了帮助Wugu找到父母，阿力和朋友贝贝踏上了冒险的旅程……

小潜艇寻找神秘海怪，进入海底深渊两万里探险旅程。世界各大洋接连出现神秘海怪，引发恐慌传言，海洋面临灾难。各国潜艇前往追踪海怪，科研潜艇阿力侦测到奇怪信号，深入海底秘境，却发现传说中能将海水转化成动力的“鹦鹉螺号”潜艇。为了解开这些谜团，阿力和伙伴们开始了海底两万里的漫游探险。