风和日丽的一天，铃木财团斥巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南和好朋友们受邀前来参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，江户川柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方非常胆大，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经茱蒂介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入了低谷。这一次他以神秘狙击手

江户川柯南和毛利兰、灰原哀一起来到了公共浴池。在男浴池的更衣室柯南目击到2名可疑的男子，随后，在浴场摔倒失去了意识。于是令柯南感到可疑的男子阿辰和近藤借口将柯南送到医院把他用车带走了。柯南注意到他们两人是黑社会中有名的人物，正在浴池执行秘密任务。听说柯南被送往医院的小兰和小哀在附近的医院拼命寻找，但并没有找到他。这时，小兰的手机收到了“我的伤没有大碍，不用担心。我要和认识的大哥哥去吃饭了”的邮件。这封邮件是用柯南所带的工藤新一的手机发送的。此时，毛利小五郎的侦探事务所收到了香苗调查丈夫外遇的委托。香苗提供

向日葵幼稚园带着所有的幼稚园小朋友到新开幕的奇异乐园玩，只是小新居然在后来没跟着大家走，独自走进了尚未对外开张的马戏团，在这里遇到了童话故事中的木偶多佩玛，邪恶的同性恋双魔，还有他的手下。坏人们为了争取超级无敌厉害的扑克牌，展开了一场现实与魔幻世界的追逐，最后连小新的爸爸妈妈都被同性恋双魔的手下抓走了，为了救回爸爸妈妈，小新只有勇敢的再回到奇异乐园…..

秘密的为了维护世界和平，阻止邪恶的黑道组织-猪蹄组征服世界的诡计，派特工美色(魅力）潜入邪恶组织，偷取执行计划的核心元件。在逃亡过程中，美色（魅力）无意间上了小新一行人搭乘的游船，使得小新也被卷入正邪的对抗战中，还被带往邪恶组织。原来邪恶组织要进行的计划是，让大袋博士开发出来的新型电子生命体肥嘟嘟左卫门入侵全世界的电脑，进而征服世界。没想到这个新型的电子生命体的原创者居然是小新......

双叶幼稚园的园游会快到了，往年都会在园游会里跳春日部舞，但这一年松坂梅却突然提议要跳森巴，不过马上受到吉永绿和上尾真澄的大力反对，最终也只好不了了之。奇怪的是，第二天在幼稚园里，吉永却不同前一晚的态度，大力向园长建议园游会上应该跳热情的森巴。另一方面，阿呆告诉大家有个传言，春日部里出现了”克隆人”。而小新妈妈也听到了这个传言，但是大家也认为这只是谣传而已，结果没想到野原一家竟然在新开幕的超市里，遇到了妈妈美冴的克隆人，而后，广志和小新的克隆人也纷纷现身了。究竟这背后有什么阴谋？又是谁为了什么在制造克隆人…