以游戏第2作以后，准备转任法国巴黎的大神一郎回忆队员的往事。前4集每集各为一个小单元，最后两集为一个小单元。

在遥远的未来，银河系边缘的堤拉兹惑星是一个只有男人而没有女人的殖民星球。原来人类在移民的途中飞船发生事故，最后只有六位男性幸存了下来。现在堤拉兹惑星上的人都是这六位人类男性利用生物技术留下的后代，他们分别住在由遗传了这六人细胞和记忆的克隆人领导的六个国家里。

11岁的主人公玉贺必人（Tamaga Hitto）在生日那天从父亲那收到了生日礼物“クラッシュビーダマン”，父亲后来失踪了。因为父亲留下的最后一句话是“打破逆境！”必人决定出场ビーダマン的大赛。和各式各样的对手相遇，友情也逐渐开始。必人手中的这个父亲交给他的ビーダマン究竟藏着怎样的秘密呢？通过以朝着胜利的顶峰奋斗为目标以及和对手的交流，描绘了一个孩子在努力中成长起来的模样。

那是，在被忘却的月球上开演的“EXTRA”之物语。 存在于月球的，拥有能实现任何愿望之力量的灵子计算机“Mooncell Automaton”。 构筑于Mooncell内部的灵子虚构世界“SE.RA.PH”。 赌上“圣杯”，由魔术师与英灵引发的新的月之圣杯战争，开演。