【本片为时长26分钟的完全版】在宇宙世纪0096的后半，地球联邦政府感觉「精神感应骨架」的存在会成为威胁，所以命令隶属于直辖情报部的梅米特·梅鲁加中尉组织特殊部队「莫斯提马」，执行潜入地球圈漂流的小行星「阿克西斯」所分裂出来的其中一边，并进行调查。与梅米特同行的调查队队员中，有曾经在吉翁公国和新吉翁担任技师和测试驾驶员的艾鲁丽特·马里亚热和丹顿·哈力古这两位平民。潜入了阿克西斯的调查队在应该不会有人的基地内受到私人军队「巴纳姆」的新型「高达」的袭击。在这期间，艾鲁丽特将某个「思念」藏于心里，走向遗留在阿克

为了成为真正的武士而在丛林中修行的铁刃，机缘巧合之下回到了日本，与父亲·剑十郎一同借住在了老相识·峰家。峰家的女儿·沙也加对言行古怪的刃感到困惑，却还是开始了与他一同的生活。有一天，刃来到沙也加的学校，命运般地结识了剑道高手·鬼丸猛。之后，刃与鬼丸多次展开激战，就像呼应追求力量的二人一般，古老的力量觉醒。“雷神剑”与“风神剑”，从古至今屡次撼动天地的魔剑如今再度觉醒，真正的故事即将开幕。

【本片为时长26分钟的完全版】在宇宙世纪0096的后半，地球联邦政府感觉「精神感应骨架」的存在会成为威胁，所以命令隶属于直辖情报部的梅米特·梅鲁加中尉组织特殊部队「莫斯提马」，执行潜入地球圈漂流的小行星「阿克西斯」所分裂出来的其中一边，并进行调查。与梅米特同行的调查队队员中，有曾经在吉翁公国和新吉翁担任技师和测试驾驶员的艾鲁丽特·马里亚热和丹顿·哈力古这两位平民。潜入了阿克西斯的调查队在应该不会有人的基地内受到私人军队「巴纳姆」的新型「高达」的袭击。在这期间，艾鲁丽特将某个「思念」藏于心里，走向遗留在阿克