一次偶然中，蓝妹妹（黛米·洛瓦托DemiLovato配音）发现了一张遗落的地图，指引向一座神秘的村庄。为了求证村庄存在的真实性，蓝妹妹和好友聪聪（丹尼·普迪DayPudi配音）、健健（乔·曼根尼罗JoeMagaiello配音）、笨笨（杰克·麦克布瑞尔JackMcBrayer配音）一起踏上了旅途。一路上，初出茅庐的四人组遭遇了无数的危险，但总能凭借他们的智慧和运气化险为夷，四人的友情亦遭到了重重考验。邪恶的格格巫（雷恩·威尔森RaiWilso配音）也知晓了村庄的存在，为了第一个到达村庄，格格巫开始千方百计的

故事以漫威漫画人物少年迈尔斯·莫来莱斯为主角，讲述了这位少年在与强大邪恶势力斗争中不断成长，并最终成为蜘蛛侠群体中一员的故事，影片中多个时空多元宇宙平行时空的恢弘世界观令观众叹为观止，六位蜘蛛侠同框出镜更是史无前例。

正就读中学的少年迈尔斯意外被一只遭受放射性污染的蜘蛛咬伤，随后身体发生奇特的变化。偶然机缘，他目睹了蜘蛛侠和犯罪头目金并的战斗。为了阻止金并利用时空对撞机扰乱宇宙，蜘蛛侠最终壮烈牺牲。可未过多久，来自平行宇宙的颓废的彼德·帕克出现在迈尔斯面前。为了阻止金并的阴谋，并帮助这个帕克返回自己的宇宙，他们闯入金并的老巢。在这一过程中，二人遭到章鱼博士和徘徊者的狙击。与此同时，来自其他宇宙的女蜘蛛侠、暗影蜘蛛侠、蜘猪侠、二次元蜘蛛妹相继出现。他们合力与恶势力展开斗争……

蓝妹妹发现了一张遗落的地图，由此引发精灵们对于神秘村庄真实性的猜想。于是，满怀好奇心的蓝妹妹与聪聪、笨笨、健健四个小伙伴组成冒险小分队，背着蓝爸爸离开了精灵村，踏上了充满未知的探秘旅程。一路上，四个小伙伴为所见的新奇景物而兴奋，为陷入漆黑洞穴而慌张，上天下地一路萌行充满欢声笑语，直到他们遇到了最大的对手——格格巫。