近未来的地球——人类因为一种被叫做HUGE的神秘生命体的出现而面临灭绝的危机。世界各国为对付HUGE而合作制作出决战兵器CHARM，使用这些武器、被称为Lily的少女们为保卫世界持续地战斗着。世界各地设立的Lily培训机构“Garden”成为了对抗HUGE、守护人们的据点。在众多的Garden当中，入读被誉为名门的百合丘女学院的一柳梨璃，和邂逅的伙伴们组成了一柳队，为执行任务而前往东京。以此为契机，鲁德比克女学院、爱伦斯基女学园、神庭女子艺术高校、御台场女学校、相模女子高等学馆，以及百合丘女学院的命运开始

在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但冀望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。前半为主角和女主角们之间所发生的事件，后半After story为主角和古河渚，在冈崎中学毕业之后，共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，CLANNAD就是由这三个要素所组成的故事。

该剧讲述了一个努力生活只求安稳的平凡女性，面对丈夫的背叛与恶意，生活的重担和磨难，完成了一场完美的自我拯救的故事。