巴布工程师大变身！他还是像以前一样，仍然是个性温暖也最优秀的工程师伙伴，任何学龄前的儿童都会想要加入他的团队。但是现在他更强壮、更有趣、更有活力、更敏捷也更加充满抱负了！没有他无法完成的计划，没有他难以解决的麻烦，巴布拥有许多新点子，也能够用刺激有趣的方式一一实践。

在美丽的多多岛上，热心助人的托马斯是一辆可爱的火车头，他是一个完美主义者，最喜欢帮助别人，不过也常常因为过分热心而令自己卷入麻烦中。但是他乐观开朗，很快就会忘记不愉快的事，所以时常都是笑口常开、心情愉快。托马斯有很多的火车好朋友，他们团结友爱、互相帮助并且勤奋热情地工作，他们每天都会接载不同的乘客，因而发生了不少趣事，从中更认识到公平和友爱的重要。

向日葵幼稚园带着所有的幼稚园小朋友到新开幕的奇异乐园玩，只是小新居然在后来没跟着大家走，独自走进了尚未对外开张的马戏团，在这里遇到了童话故事中的木偶多佩玛，邪恶的同性恋双魔，还有他的手下。坏人们为了争取超级无敌厉害的扑克牌，展开了一场现实与魔幻世界的追逐，最后连小新的爸爸妈妈都被同性恋双魔的手下抓走了，为了救回爸爸妈妈，小新只有勇敢的再回到奇异乐园…..

秘密的为了维护世界和平，阻止邪恶的黑道组织-猪蹄组征服世界的诡计，派特工美色(魅力）潜入邪恶组织，偷取执行计划的核心元件。在逃亡过程中，美色（魅力）无意间上了小新一行人搭乘的游船，使得小新也被卷入正邪的对抗战中，还被带往邪恶组织。原来邪恶组织要进行的计划是，让大袋博士开发出来的新型电子生命体肥嘟嘟左卫门入侵全世界的电脑，进而征服世界。没想到这个新型的电子生命体的原创者居然是小新......