过去篇共6话，终于迎来了完结——。故事发生在宇宙世纪 0079 年 1 月 23 日，吉翁与地球联邦间一决雌雄的战争，终于在 SIDE 5 鲁姆爆发。在战争中被逼入绝境的吉翁，手中握有秘密武器。就是用人型兵器「MS」所组成的特别突击大队，让战况一举逆转并大获全胜。当中，隶属吉翁军的夏亚・阿兹那布尔，驾驶着「萨克Ⅱ」立下战积并因此晋升为少校，更获得「红色彗星」的别名。而在鲁姆会战后，地球联邦军策画了对抗吉翁军的＂V 作战＂。远在 SIDE 7 的少年阿姆罗・雷，自行动身去找寻新兵器「钢弹」的秘密。另一方面，

东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察现场，搜集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐怖分子、公安在内多方的复杂关系，而真相更令所有人瞠目结

　　在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 r　　“你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤” r　　这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是…… r　　就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走（因为手上有炸弹而受到威胁，并非抓走）成为了人质