在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。

　神秘教派自称拥有一本《诺斯特拉达穆斯预言》，能够准确预知未来。预言中第二章第三节所说“海上升起另一个太阳，将黑色的巨鲸化为灰烬”，正符合地中海一艘核潜艇失事事件。下一个将应验的预言是第七章六十二节“