明治11年夏天，维新重臣大久保利通突遭暗杀。在这起事件背后，前维新志士志志雄真实（池田政典 配音）的身影渐渐浮现。当年他曾接任剑心担任刽子手，却最终遭到维新政府的背叛险致丧命。从地狱活转过来的志志雄，如今开始慢慢揭开“京都破坏计划”的黑幕。为了阻止志志颠覆明治政府的阴谋，密探集团——京都御庭番众的首领•翁交给遗孤少女卷町操（樱井智 配音）一项重要的任务，命她前去寻找曾经暗中支持着明治维新的刽子手拔刀斋——绯村剑心（凉风真世 配音）。操独自来到东海道，意外得知了心上人四乃森苍紫（安原义人 配音）的消息，

故事承接第一季剧情，葵在重遇喜欢户外活动的青梅竹马朋友日向后，再次进行登山活动，实现了再一次看到小时候看过的山顶日出这样想法，并且与枫和心夏成为了好朋友。而接下来，葵她们将不断的挑战着自己，决定登上富士山。

　　明治11年夏天，维新重臣大久保利通突遭暗杀。在这起事件背后，前维新志士志志雄真实（池田政典 配音）的身影渐渐浮现。当年他曾接任剑心担任刽子手，却最终遭到维新政府的背叛险致丧命。从地狱活转过来的志志雄，如今开始慢慢揭开“京都破坏计划”的黑幕。为了阻止志志颠覆明治政府的阴谋，密探集团——京都御庭番众的首领•翁交给遗孤少女卷町操（樱井智 配音）一项重要的任务，命她前去寻找曾经暗中支持着明治维新的刽子手拔刀斋——绯村剑心（凉风真世 配音）。操独自来到东海道，意外得知了心上人四乃森苍紫（安原义人 配音）的消息，

从美国回来的龙马接受了更加严苛的训练，表示日本已经无法满足王子们了，他们终于将要进军世界了。在体育竞技方面，从全国大赛时便开始愈发的脱离常识。在全国大赛奋勇激战的中学生们选取了50名精英作为代表，这次将要向高中生挑战。这次故事的舞台是U-17，日本代表集训。这个号称培养日本网球界顶尖高手的集训首次招收了中学生。