贝利亚军团被毁灭后，赛罗奥特曼与火焰战士、镜子骑士、钢铁武士组成了“终极赛罗警备队”。现在他们准备再次拜访艾美拉娜公主。因为钢铁武士等不及面见公主殿下，所以他就率先出发了。没想到等赛罗、火焰战士、镜子骑士赶到的时候，却发现钢铁武士抱着公主殿下的飞船，被神秘星球给抓住了。另一边，雷与日向船长驾驶飞船前往行星布拉姆，准备去海边度假。没想到在飞行的路上，眼前突然出现了之前赛罗他们遇到的神秘星球。日向船长拜托熊野队员帮忙调查这颗星球的情况，随后雷和日向船长驾驶飞船潜入了星球的内部。在星球内部雷和日向遇到了艾美拉娜

贝利亚军团被毁灭后，赛罗奥特曼与火焰战士、镜子骑士、钢铁武士组成了“终极赛罗警备队”。现在他们准备再次拜访艾美拉娜公主。因为钢铁武士等不及面见公主殿下，所以他就率先出发了。没想到等赛罗、火焰战士、镜子骑士赶到的时候，却发现钢铁武士抱着公主殿下的飞船，被神秘星球给抓住了。另一边，雷与日向船长驾驶飞船前往行星布拉姆，准备去海边度假。没想到在飞行的路上，眼前突然出现了之前赛罗他们遇到的神秘星球。日向船长拜托熊野队员帮忙调查这颗星球的情况，随后雷和日向船长驾驶飞船潜入了星球的内部。在星球内部雷和日向遇到了艾美拉娜

钢铁武士为了保护艾美拉娜公主被人工星球囚禁在星球内部。赛罗奥特曼、火焰战士还有镜子骑士为了救他们也进入到了这个人工星球内部。在人工星球移动的过程中，被雷和日向撞见，于是雷和日向也进入到了这个星球内部。这个人工星球叫比特星球。星球内部为空洞，星球的中心有人造太阳，在其公转轨道上有月球。星球内的外壳内壁上有未来建筑物的废墟，再向内部延伸有岩石山体与干涸的海床。星球内部没有人，比特星球穿梭各个宇宙，它出现的地方会发生重力异常。比特星球的在內部造了大量的机器人军团，其目的是抹杀一切有机生命体。赛罗他们为了救出困在

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扎塔天文先锋队在执行任务时，收到了神秘的求救信号。日向、雷等人迅速驾驶盘龙号前往救援，但却被吸进了扭曲的空间中。在扭曲空间里他们发现了一颗行星，而求救信号正是从这颗星球发出的。正当盘龙号准备降落的时候，半空中突然出现了机械哥莫拉。这头机械哥莫拉一出现就直接攻击盘龙号，盘龙号只好被迫应战。一场激烈交战后，盘龙号被击落，日向船长只好迫降飞船。当日向、雷等人从飞船出来后，前去寻找求救信号的发出地点。结果他们遇见了其他次元的自己。经过调查，众人发现原来在这个星球上，有神秘的外星人正在进行一项秘密实验，这里的空间是

这个大消息让好友阿树与池谷等人兴奋不已，然而拓海本人这个当事者却迟疑不决。面对即将毕业的未来，彷徨的秋季与冬季依然匆匆流过。与皇帝队须藤京一、小柏凯在沙雪与真子堪称是碓冰崖最快的Impact Blue双人组，但真子却因池谷的失约而让心情跌到了谷底。就在此时，帝王队想称霸群马县而先攻下妙义山的消息传到了真子与沙雪的耳中，而且妙义与碓冰的距离并不很远，于是两人准备迎接帝王队的到来…

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《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。

在那神话般的暑假结束后，群马县的山路赛车手们仍然陷于一片骚动的热潮当中。先是怪物般的ＡＥ８６连战连胜的神话，然后是来自京都的ＬＡＮＥＶＯ军队帝王队的挑战，闪电车队与夜婴车队都相继败在ＬＡＮＥＶＯ的车轮下，下一个目标将是谁呢？曾在碓冰山道与拓海比赛过，虽然输掉了“碓冰山道最快”的称号，但却得到了继续赛车的勇气的佐藤真子，正在为自己的感情而烦恼着。在好友沙雪的撮合下，一位来自妙义夜婴车队的成员对她展开了追求，然而对方却希望她放弃赛车……感情、或者是赛车，两者在真子心中孰轻孰重呢？