文久三年、冬。来到京城找寻父亲下落的雪村千鹤，突然遭到嗜血怪物的袭击。此时救了千鹤一命的，正是让人闻之色变的「杀人集团」新选组成员－冲田总司、斋藤一与土方岁三。在大雪纷飞的夜晚，千鹤与新选组纠缠的命运开始转动了。

“阿尔塔纳”能量，是存在于每颗星球上的生命源泉，它创造出了名叫虚的魔人，而虚是个多年间历经数次生死轮回，不老不死的怪物。并在数次重生之中，诞生出一个叫吉田松阳的人格，这位松阳老师就是曾经开办松下村塾，在银时、高杉、桂三人幼时教导过他们的老师。 地球灭亡危机迫在眉睫，银时、高杉、桂，这三位昔日的伙伴再次集结，各怀使命，只是他们要对抗的，是自己的恩师，吉田松阳的另一个人格——虚。为了支援银时等人，新八、神乐、真选组、整个歌舞伎町，甚至是曾经交战过的对手，大家纷纷加入了这场战斗，共同守护江户和地球。虚的力

薄樱鬼即指土方岁三。此名为游戏土方线结尾土方与风间决战前风间所起。薄樱意为如樱花般绚烂而又转瞬即逝；鬼则指土方身为人类，却始终坚持贯彻自身信念，高洁之心令人钦佩，拥有能与鬼族平起平坐的强大实力与内心（风间是鬼族，一直对自己的鬼族身份感到骄傲，视罗刹为不伦不类的“伪物”）。其实新选组众成员又有哪个不是如此呢？