在枪案频发的芝加哥，保罗原本是一个温文儒雅仁心妙手的医生，拥有一个幸福美满的家庭。一场突如其来的厄运让他的妻女惨遭暴徒欺凌，女儿昏迷不醒，爱妻更因此丧失生命，与他天人永隔。然而，城市里连串的凶案让警方束手无策，种种原因使得保罗的案件无法结案，本应受到制裁的凶徒逍遥法外。 在崩溃和绝望中，保罗的人生价值观彻底改变。为了替家人复仇，保罗决定孤身寻凶，主动出击，单枪匹马在城市街头制裁暴力犯罪。警方和大众对这位伸张正义的神秘“帽兜男”众说纷纭，争论不休。在“守护天使”的外衣下，保罗最终迎来了和仇人的生死决战。

相传，流传千年的古医秘针“鬼门十三针”正可救人于鬼门，邪可控人于傀儡，人人皆想得之，奈何它早已匿于江湖，无迹可寻。当世人逐渐遗忘“鬼门十三针”之时，一起诡异莫测的连环杀人案却牵扯出“鬼门十三针”，以及藏于它身后的鬼门秘派，案情愈发扑朔迷离。与此同时，曾因谋害恩师被逐出鬼门的宋敬之在调查连环杀人案时，莫名成为连环杀人案的凶手。面对种种铁证，宋敬之与幕后凶手展开了一场关乎生死和救赎的正义之战。危机时刻，一位毁容老妇认下所有罪名，螳螂捕蝉黄雀在后，亦真亦假，究竟谁才是真正的凶手？

上世纪三十年代的粤省花城鱼龙混杂，隶属于神秘组织“黑峰”的首席教官林昊，为脱离组织控制在一次任务中假死逃脱，以医生的身份藏匿于城郊的吴家诊所，准备开始重新生活，但种种际遇却再次将他拖入漩涡中心。行医期间，林昊与叛逆的新人女警何心欣邂逅，他的身份也引起了何心欣的怀疑。随着花城各路案件的并发，林昊与何心欣的交往逐渐密切，两人在互相试探中情感升温，而他们处理的种种案件之间的关联，都指向二十年前的一场阴谋之下的瘟疫冤案，有关林昊的身世之谜也隐藏其中，真相呼之欲出……林昊决定再次站出来，携手女友何心欣，花城商会掌门

神秘青年林昊身怀上古传承，精通中医药理之术，意外路过被小诊所聘为村医，凭借精妙的医术声名大震，许多富家显贵都慕名前来求医问诊。不过声名鹊起的同时，也引来各种觊觎与嫉妒的目光，危险也一步步向他靠近，且看少年，如何以医证道，力克强敌。

绝世天医用超凡身手替美女分忧，一身医术，白骨生肌。一双铁拳，星辰退避。行走于权势和死神之间，拳破规条，医救众生，称霸巅峰，开启一段热血，激情的都市之路。可不巧的是祖传圣医经被夺，天医陆一航被迫无奈只好开启“迂回作战”模式……

香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘及见习医生曾淑淇的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生与急症科医生向众仁正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹的介入而面临一场情感考验。

承接前一辑的《妙手仁心》，两年后，风流不羁的黎国柱与冷静聪明的江新月，为延续两人的爱情，保持着亲蜜爱人却不愿同居的两性关系。江新月的弟弟江满月因艾滋病发已逝世，离去前数月，满月于街上拾回小狗仔仔，成为轮流寄养于各人家中的小狗。张创业与周淑茵已婚且于英国定居，而乐观多言的张家裕与凌少霞则于非洲穷乡中从事医疗工作。当周遭各人各有离合时，程至美仍坚守着他的岗位及人生态度，拯救病人于死亡边缘，每天盼望着昏迷两载的女友唐姿礼醒过来。一切在院长罗孝齐领导下，平淡如水，直至三位年青医生的加入，为原有这班人添加了欢笑及

苏州吴中温学派的创始人、闻名遐迩的江湖郎中叶天士，为人豪爽，行侠仗义，医术高明，看病既奇且怪。珠宝商柳逢春，因家财被盗，妻子梁美娘精神终日忧郁。叶天士为她治病并不用药，而是用能引她发笑的方法治好了她的病...

江湖巧匠游云（金必多）得秃鹰赏识，加盟“铁血十三鹰”，欲替天行道，怎知事与愿违，秃鹰觊觎朝廷赈灾官银，游云与其中六鹰反对，六鹰惨被秃鹰屠杀，而游云幸得迷恋自己的香鹰说情，得保性命，游云更利用绝技“勾魂一指”情挑香鹰而成功逃脱。秃鹰击败押粮官向怀忠等官兵，夺得官银；游云却以“侠盗笑脸元宝”之名掩饰身份，将官银盗走，并将秃鹰打下悬崖；重伤之向怀忠愧之对朝廷及灾民，正要自尽，笑脸元宝赶至，将官银送还。向怀忠临终之时，对儿子向南飞交代笑脸元宝救命之恩，但向南飞将“报恩”误以为是“报仇”，一字之差，使向南飞矢志为父

急症室高级医生黎国柱风流不羁，为人我行我素。一次偶然，肿瘤科医生江满月任职，律师姐姐江新月发现黎国柱乃昔日负她的人。二人重遇，江新月惊觉对黎国柱仍未忘情。急症室医生张家裕纠缠在护士长与见习医生之间，不懂抉择。肿瘤科高级医生程至美与其妻子离婚，却被唐姿礼误会他玩弄感情，但两人经相处后，冰释前嫌，更互生好感。