2012年日蚀的一天进行名为“魔宴”仪式，从而诞生出魔物“魅影”肆虐。 本作主角操真晴人在此仪式中生还，如谜一般的白色魔法使把变身系统巫骑驱动器交付给他并变身成为假面骑士巫骑。 从此踏入守护人类及与魔物战斗的命运。

故事描述一个家中经营餐馆“幸平饭店”的中学生幸平创真，每天总是以料理人的父亲为目标，不断磨练自己的厨艺。他的父亲心血来潮，叫他进入厨艺专校远月学园就读。创真一到那里，不仅邂逅了拥有“神之舌”的女主角薙切绘里奈，而且还在入学典礼的台上出尽风头。于是，创真一方面将克服一连串的严峻考题，同时也将和每一位好敌手在料理场上较劲……

薄雾笼罩的京都，一起攸关日本国家安全的大事件即将发生。一艘疑似装载爆炸物的可疑船只靠近舞鹤湾。通过对船上相关数据和零部件的勘察判明，该船很大可能来自海外。此消息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。就在同一天，江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰以及少年侦探团的各位一同观摩海上自卫队组织的对空作战演习，他们史无前例地登上了宙斯盾舰穗高号，与全国各地聚集来的孩子们一起，被装备了电子武装的高科技宙斯盾舰带来的巨大魄力所震撼。谁知演习中突发意外，原本虚拟的作战瞬间变成真枪实弹的杀戮。不久，海面上漂浮着的失去左臂的自卫队队员

室内足球风靡世界十几年后——。日本也诞生了许多明星选手，不论男女老少，室内足球在日本掀起了热潮大和晴看过U18世界杯决赛后，为日本代表队球员天王寺刻成的表现所吸引，怀抱着对成为天王寺一般的球员的向往，开始了室内足球生涯。他在恒阳学园高中室内足球部与队友们相遇，面对阻挡在前的劲敌们，朝着梦想奋力拼搏！为室内足球赌上了一切属于男高中生们的“现在这一瞬间”，开幕——！

曾经在日本被烧毁的梵高名画《向日葵》在聚集了大富豪的纽约拍卖会场中标。铃木次郎吉以3亿美元的史上最高金额得到了这幅名画，他的目的是收集散布在世界上的7幅《向日葵》。前所未有的大规模展会在以拥有铁壁般的安全系统著称的日本美术馆雷克洛克举办，这一梦幻般的新闻发布至全世界，柯南和兰也关注了新闻转播。次郎吉打算召集通称为“七武士”的专家来保护《向日葵》，但此时怪盗基德突然现身，在发出宣战布告声称自己必定要夺取这幅名画之后便离去。本应该只以巨大宝石为目标的基德为何要夺取这幅画？在下一个瞬间，高中生侦探工藤新一的身影

生活在21世纪的少女月岛唯，是日本桥学园的高二学生。她非常热爱落语，便把落语家桂歌丸视作为自己最理想的男性，不惜一切代价拜他为师。而在江户时代中，天女们在与妖魔的战斗中一一倒下，而她们遗留下来的宝珠则飞往了未来的世界，寻找能够继承她们的新天女。在不知不觉中，小唯与5位朋友们受到宝珠的召唤，来到了江户时代的幕末时期，后来并在平贺源内的指导下了解了一切的真相，一一觉醒成为天女与企图支配江户的邪恶势力作战。

　　警察无法完全应对的世界规模治安危机，导致了一种新职业——武侦的出现。武侦，即在法律框架内(不排除少数例外)，解决个人或组织的委托，弥补警察的不足，维护社会和平的武装侦探。而本故事，就发生在那样一个时代的武侦培养学园——东京武侦高。　　一直向往普通人的平静生活，期望尽快从东京武侦高转走的少年——远山金次，有个自初中(神奈川武侦高附属中学)毕业后一直隐藏的秘密。然而，渴望平静的他，却在一场骇人的自行车劫持事件中，邂逅了自此将改变他人生轨迹的人物——神崎·H·亚里亚。 　　金次的秘密究竟是什么？神崎·H·亚

由“黑色”裁决“黑色”——德国，加拿大，以及（英国）伦敦。黑衣组织所制造的暗杀案件在世界各地接连发生！目标的共同点是？组织的目的是？不久，琴酒就将魔爪伸向日本。这场暗杀大戏不过才刚刚开始。宿命的相遇，突然——东都水族馆进行了大规模翻新。为了观赏那里的特色——世界第一个二轮式巨大摩天轮而来到此处的柯南一行人与那里一位受伤的神秘女性相遇。她似乎由于某种原因丧失了记忆。线索只有已损坏的手机。柯南与少年侦探团一起，决定帮助她找回记忆。这时，灰原觉察到了异样。这个女性，是左右眼颜色不同的“双色瞳”的拥有者。

你知道吗？关于在日本里有着富裕到无法形容程度的有钱人家这件事情。你知道吗？出生在这种家庭的一位少女，在一次偶然的机遇下聘请了的欠有大量债务的少年管家的事情……少年的名字是绫崎飒。为了报答自己的主人三千院凪的恩情，绫崎飒正在朝着一流管家这个目标每天都在努力着！！

TV未放送的短篇合集，主要讲述正篇中配角们的故事。